一九四五年八月十四日，日本宣布投降。重庆的生活、读社、新知三店做了新的部署，首先是把生活、读社、新知三店门市合并，称为“生活书店、读书出版社、新知书店三联书店”，这是第一次以“三联”的名义在读者面前出现。同时在北平、广州、长沙设立分店。三店的出版工作保持独立发展。一九四五年十二月，中共中央派出参加政治协商会议的代表团，由延安飞抵重庆，博古同志给读社带来一批解放社的纸型和样本。读社派万国钧携带纸型东下，随后，总店亦迁回上海，很快就印出一批书在京、沪、平、穗等地发行。到一九四七年，两年多的时间内所出版或重印的书籍，较重要的有《资本论》、《唯物论与经验批判论》、普列汉诺夫的《论一元论历史观的发展》、《思想方法论》、周笕（周扬）编的《论文艺问题》（原名《马克思主义与文艺》）、高烈（博古）编译的《辩证唯物主义与历史唯物主义基本问题》以及苏联科学院编的《近代新历史》、《殖民地附属国新历史》、《中国近代史》（范文澜著）、《中国民族解放运动史》（华岗著）、《科学历史观教程》（艾思奇、吴黎平著）、《唯物辩证法》（罗逊塔尔著）、《辩证唯物论辞典》、《西洋哲学史简编》、《中国近代史参考资料》（杨松、邓力群编）、《卡尔?马克思》、《恩格斯传》、《恩格斯论资本论》、《资本论通信集》等。

一九四六年，三店决定派更多的干部携带纸型、书籍到解放区开展工作，在当地党政领导之下，先在胶东，次在大连，以后在东北各地建立了光华书店。

一九四六年，召开政治协商会议，但国民党反动派随即撕毁了政协决议，发动全面内战。生活、读社、新知三店又处于敌人的严重迫害之下。广州兄弟图书公司在一九四六年五月被特务捣毁。在北平，国民党特务以“人民戡乱除奸团”的名义在朝华书店的门窗上张贴布告，声称“朝华”是“奸党”在北平的潜伏组织，贩卖“反动书刊”，“宣传赤化”，并在大门上贴了封条。七月十一日，读社创办人之一李公朴在昆明被国民党特务暗杀。十月四日，上海市各界举行李公朴、闻一多追悼大会。邓颖超代表周恩来宣读亲笔书写的悼词。

一九四七年春，国共和谈破裂，中共代表团被迫撤回延安，反动逆流达于顶点。六月一日，重庆三联书店经理仲秋元被逮捕。同一天武汉联营书店经理马仲扬等六人同时被捕，并搜查了书店门市部和宿舍，致使书店被迫暂时关闭。上海的环境也日益恶劣。地下党所领导的《文萃》杂志发行部“人人书报社”转移到读书出版社原来办公的地方四川北路北仁智里一五五号，被特务破获，全体工作人员被捕。读书出版社在同一弄堂内，因发觉周围有可疑的人侦察，范用前往“人人书报社”报信，被特务捕去，次日欧阳章去寻找，又被扣留，两人被中统囚禁两个多月，经多方营救，花钱由国际文化服务社韩侍桁疏通、光明书局王子澄保释出来。

一九四七年十月九日，中央社发表国民党中央宣传部副部长陶希圣“答记者问”，声称“近来出版事业颇见萧条，但坊间充斥黄色书刊及共产党宣传书刊，两者同为麻醉青年之毒物。新知书店、读书出版社刊行共匪书籍尤多”。一九四八年二月十二日国民党上海市执行委员会发出查封“共匪宣传机构”生活、读社、新知三店的密令。这样，三店不得不紧急应变，决定同时撤退。十月十七日派人到大公报馆预先订了一处广告位，到深夜十二时报纸临开印前才送去稿子。次日全上海都看到大公报上生活书店、读书出版社、新知书店宣告结束迁往香港和《读书与出版》月刊休刊四条并列的启事。等特务发觉，已经人去楼空。欧阳章、欧建新进入解放区。范用、丁仙宝等留在上海。汪锡棣去南京，并秘密运去一批书籍，寄存友人朱文华在下关开的金山药房内，准备迎接解放。

一九四七年六月底，读书出版社即派倪子明、汪静波到香港筹办读书出版社分社。一九四七年九月底，黄洛峰、徐伯昕、沈静芷等先后到达香港，这时三店的领导中心，实际上已从上海转移到香港。读书出版社先后到港参加分社工作的有韦起应、石泉安、郑权（树惠）、唐雪仪（棠）等。万国钧则经常往来沪、港，联络两地工作。在香港，三家书店的党支部先后由胡绳、邵荃麟领导。

当时，读书出版社图书出版工作仍然在上海，由范用办理，但是只能秘密地进行了。为了有一隐蔽的住处，丁仙宝利用亲戚关系到公路局总局上海办事处工作，范用伪装养病住入公路局的宿舍，白天跑印刷厂，晚上关起门看校样。这时，郭大力由福建分批寄来马克思的《剩余价值学说史》的译稿，一百几十万字，不到一年就全部由一个仅有几名排字工人的小排字房排好，打成纸型，又向印刷厂借了三百多令报纸印成书，全部装箱存入银行仓库，准备上海一解放就可取出发行。在这期间，还排了《巴黎圣母院》、《有产者》等外国文学名著。与此同时，在郑易里主持下，编出《英华大辞典》，并且发排。这部大辞典，解放后由三联书店出版。出版《英华大辞典》和外国文学名著，当时是出于经济上的考虑，作为二线的工作。

这里，讲讲印书的事情。读书出版社没有印刷厂，排印书刊，只能同印刷商打交道。这些印刷商当然不了解读书出版社的底细，但是生活、读书、新知三家书店是“有颜色的”，多少是知道的。他们为读社印书，固然是为了做生意，但“读书”与这些印刷商关系搞得很好，也很重要。因此，他们明知担风险也肯帮忙。特别是在上海解放前的两三年，在风声很紧的情况下，大华（王璧如一家）、合作（王良生等）、协兴（成宝林、培熙父子）、大陆（包森源）几家印刷厂一直为读书出版社排版或印装书籍。有一位陶汝良，早年参加过革命，后来开书店、办印刷厂，抗战胜利后到上海，以私人关系介绍到中国印书馆任营业主任，这个印书馆的董事长是“中统”特务头子叶秀峰。陶汝良同黄洛峰、万国钧关系甚好，在印书、“调头寸”等等方面，给了不小的帮助。说来使人难以相信，读书出版社和生活书店有几本书就是在这样一个与“中统”有关系的印刷厂排印的。一九四七年春，中共上海代表团撤退的前一天，《新华日报》徐迈进匆匆到读书出版社留下两期《群众》周刊纸型，由陶汝良介绍到明星印刷厂印了出来。不久，“中统”逮捕了明星印刷厂的老板，并且扣押陶汝良讯问。十分可贵的是，陶汝良和明星印刷厂的老板始终没有说出与读书出版社的关系。上海临解放，为给“三野”提供材料，党组织交给方学武、范用调查官僚资本的出版机构情况的任务，陶汝良也给了很大的帮助。

一九四七年十二月二十五日，毛泽东同志发表了《目前形势和我们的任务》这个著名报告，宣告中国人民革命已到达一个伟大的转折点，蒋介石反革命势力已走向覆灭的道路。香港三家书店的同志们和全国人民一样受到极大鼓舞，在党支部的发动下，三店同志购买了大批刊登这篇重要文献的《华商报》向国内寄发，扩大影响。到了一九四八年，全国胜利在望，三家书店根据党的指示，着手全面合并办三联书店，准备把主要的人力物力转到解放区，迎接全国解放。大约在八月间的一天晚上，章汉夫到黄洛峰住处，通知他中央已来电，让黄早日到中央所在地河北平山筹备成立中央出版局，并催促加速进行三店的合并工作。当时三店合并工作，由胡绳、邵荃麟、黄洛峰、徐伯昕、沈静芷为领导核心，进行规划。一九四八年十月二十六日，三联书店总管理处成立。至此，作为革命出版机构之一的读书出版社完成了自己的任务，并入三联书店。