结庐而居于灵、竺间专心译书的李之藻虽然号称不闻外事，天启三年（1623）在陕西省长安出土的一块古碑还是引起了他的极大兴趣。
天启三年（1623），陕西省长安居民因建房掘地，于废墙下挖出了“大秦景教流行中国碑”。该碑高2.36米，宽0.86米，厚0.25米，在碑的最上方刻着一个十字架，其两旁则雕刻着莲花和云彩。碑上刻有长篇铭文，其正文共1695字，分为36行刻写，详细记载了基督教的支派聂斯脱利派（聂斯脱利派创始于君士坦丁堡大主教聂斯脱利。他主张基督有神、人“二性二位”。后被东罗马皇帝狄奥多西宣布为异端，受到迫害。他的一部分追随者逃至波斯，在波斯国王保护下成立独立教会，成为波斯和中亚地区流行的宗教派别之一。唐时传入中国。）（Nestorianism，汉语名“景教”）于唐初传入中国，得到唐朝君臣礼遇，并获准在华传播的各项史实。在正文的后面和两边，还刻有不少人名及其职务。每个人名分别均刻写汉文和叙利亚文，汉文人名之前则都有一个“僧”字。碑文上还刻撰了碑文撰写者和书写者的姓名以及立碑时间，撰写者为“大秦寺僧景净”，书写者为“朝议郎前行台州司参军吕秀岩”。其立碑时间是唐建中二年（781）。
景教碑建立半个多世纪后，会昌年间（841—846）唐武宗灭佛，波及景教、教等教派（据《旧唐书》记载，唐武宗灭佛时同时下旨处置景教、教，其敕书称：“大秦穆护等祠，释教已厘革，邪法不可独存，其人并敕还俗，递归本贯充税户，如外国人送还本处收管。”（参见（五代后晋）刘等撰：《旧唐书》武宗本纪。），该碑遂被埋于地下，直到明末方重见天日。
景教碑出土之后，挖掘者见此碑颇为古朴，而且碑上还刻有不少奇怪的外国字（即叙利亚文），便向长安地方的长官报告。该长官听报此事后很感兴趣，随即前往察看，并命人将石碑安放在一个小拱门下的台基上，四角都使用柱子支撑，石碑的几面均是开放的，这样既起了保护作用，又方便好古者来参观。后来，这块碑又被迁移到离发掘地不远的崇仁寺内（参见［葡］曾德昭：《大中国志》，第190页。），吸引了许多人观看。
去参观的人中有一位叫张赓虞，是李之藻的好友。（李之藻在《读景教碑书后》文中称张为“岐阳同志”。（参见（明）李之藻编：《天学初函》第1册，第86页。）他虽然不是基督徒，但在和李之藻的交往中也了解了一些基督教的知识。在仔细阅读碑文后，他感到此碑上所刻碑文的内容与利玛窦所传之教不无关系。便做了拓片寄送到杭州，还专门写了一封信给李之藻。信中说：“迩者长安中掘地所得，名曰‘景教流行中国碑颂’。此教未之前闻，其即利氏西泰所传圣教乎？”（（明）李之藻：《读景教碑书后》，李之藻编：《天学初函》第1册，第86页。）
李之藻得到景教碑的拓片后，“披勘良然，色喜曰：‘今而后，中士弗得咎圣教来何暮矣’！”（［葡］阳玛诺：《〈景教流行中国碑颂正诠〉序》，徐宗泽：《明清间耶稣会士译著提要》，第231页。）对于天主教教义非常了解的李之藻，从拓片文字发现碑文所载内容与天主教教义有许多相同或类似之处，这怎能不让一直坚信耶儒相合之论的李之藻欣喜若狂。
在进行初步研究之后，李之藻在天启五年（1625）6月10日出版了景教碑的刊本，对碑文进行了解读和注释（现代研究者认为该刊本对碑文的解读基本正确，注释则较为肤浅。（参见耿升：《中外学者对大秦景教碑的研究综述》，谢方主编：《中西初识》，大象出版杜1999年版，第186页。）。两天后，他又写成《读景教碑书后》一文，文中称：
距知九百九十一年前，此教流行已久，虽世代之废兴不一，乃上主之景命无谕。是佑诸贤，间关无阻，更留贞石，忽效其灵。所繇仁覆闵下，不忍令魔锢重封，天路终阏；故多年秘奇厚土，似俟明时，今兹焕启人文用章古教。……此学自昔有闻，唐天子尚知庄事，而况我圣朝重熙累洽，河清玺出，仪凤呈样之日哉？（（明）李之藻：《读景教碑书后》，李之藻编：《天学初函》第1册，第87—89页。）
在李之藻看来，景教碑的发现，证明天主教在中国古代就已存在。碑文中所称颂的景教，“即利氏西泰所传圣教”。实际上景教在很长时期内一直被天主教主流视为异端，受到排斥和打击（直到1994年罗马教皇约翰·保罗二世与东方叙利亚教会主教马尔完卡四世在罗马签订联合声明，宣告结束长达1500余年的神学论争，天主教会对聂斯脱利派的异端论定才完全撤销。），但其确实是早期天主教的一个支派，李之藻的判断虽不准确，但也相当接近了。
鉴于中国士人多有崇古心理，李之藻等将所获得的碑文大量刊布，以确证天教在中国是“古已有之”，而不是传教士们带来的舶来品。
在此后耶稣会士们对景教碑进行的研究中，李之藻也起了重要作用。由于来华传教士在古汉语阅读能力和古典文学修养上的缺陷，他们在很大程度上需要李之藻等中国文士帮助解释碑文中种种复杂的字词意思和中文典故。正是在李之藻等的帮助下，传教士阳玛诺撰著《景教流行中国碑颂正诠》一文，对碑文进行了详细的注释。而曾德昭也和李之藻合作，在《大中国志》中详细介绍了景教碑的出土和考察情况，并收录了碑文汉语部分的译文。
正如有学者所言：“我们完全有理由认为，虽然明末景教碑出土于陕西，但是，由于李之藻的贡献，当时研究的中心却在杭州。”（计翔翔：《明末奉教官员李之藻对“景教碑”的研究》，《浙江学刊》2002年第4期，第43页。）
李之藻、曾德昭在研究景教碑时都认为，景教碑的出土为天主教早已扎根中国提供了重要佐证（曾德昭在《大中国志》中总结关于景教碑的研究时提到：“因为据种种推测，迦南人多默在印度恢复它是在公元8世纪，而这块碑石说明，它在中国传播是在公元7世纪，因此容易得出结论说，这不是首次在中国建立基督教，而是重新建立。”（参见［葡］曾德昭：《大中国志》，第200页。），同时也证明了利玛窦天儒相合主张的正确性。而此时在来华传教士中关于利玛窦的合儒观点以及其倡导的适应传教路线是否正确的争论正在激烈进行之中。
当时在华耶稣会士们争论的主要是以下几个问题：
一是术语问题，主要是指能否用中国古代典籍中的“天”或上帝等名词来表示天主教的主神“DEUS”概念。当耶稣会士来到远东传教时，首先遇到的困难问题就是如何向东方人介绍天主教中最高主宰的名称。沙勿略在日本传教时曾使用当地语言中一个表示佛教神的词だいにちにょらい（中文称为大日如来）来称呼“DEUS”。但后来发现这样会导致信徒们实际上是在崇拜一个与“DEUS”相去甚远的偶像，完全背离了天主教教义。于是他下令禁止再使用此一称呼。而其后在日本的耶稣会士为了如何在日语中称呼“DEUS”争论了50年之久，最后结论是采用拉丁文或葡萄牙文中“DEUS”词语的音译来表达此一概念。（Joseph Sebes：“The Precursors of Ricci”，in East meets West：The Jesuits in China，1582—1773，Chicago，1982，pp.48—49.）
利玛窦在入华传教时也遇到同样的问题。他最早使用天主一词来称呼拉丁文中的“Gesus”。但在逐步熟悉儒家文献后，利氏认为中国古代文献中的“天”和“上帝”概念在中国人的思想中是指一个全体人类和人类灵魂的统治者，这样一个全能的人格神形象和天主教对于“Gesus”的描述相合，比较适合于用来称呼天主教中的“DEUS”，在得到范礼安同意后，利玛窦在他的传教著作中大量使用了“上帝”或“天”的术语来指称“DEUS”。而陆续来华的耶稣会士也大多仿效了利玛窦的做法，“上帝”基本上成为“DEUS”的汉语称谓。
利玛窦在传教术语上作出的上述决定，在远东传教的耶稣会士中一直存在着争议。利玛窦的传教著作流传到日本后，日本的耶稣会士们对于书中使用“上帝”或“天”来描述“DEUS”深感不满。根据他们在日本的传教经验，这种术语的使用很可能会导致皈依信徒们在思想上的混乱。因此他们屡屡向耶稣会设在澳门的东亚传教总部表达他们在术语问题上的不满。这种意见最终由东亚传教总部传到在华耶稣会士那里，从而引发了更多的争论。
在华耶稣会士中也有人和利玛窦的观点存在着严重分歧。利玛窦的接班人龙华民在到达中国之初就对利玛窦的传教策略存在某些非议，尤其是不赞成利氏使用“上帝”或“天”等术语来描述天主教的主神。在利玛窦生前，出于对利玛窦传教功绩的钦佩和对其高尚人格的敬仰，龙华民一直没有明确表示他的反对意见。利玛窦去世后，龙华民继任耶稣会中国传教区会长。当他得知日本耶稣会士的意见后便建议视察员巴范济重新审查此问题。谨慎的巴范济先后征求了徐光启、杨廷筠、李之藻这三大柱石和其他一些奉教士人的意见，结果发现中国信徒都一致支持利玛窦的主张。在这种状况下，尽管巴范济在术语问题上倾向于龙华民的观点，但他最后还是决定搁置这一问题的审查。
巴范济去世后，维埃拉（维埃拉，葡萄牙传教士，曾任视察员，卒于澳门。）（Francisco Vieira，1555—1619）接任了视察员的职务，这时龙华民在术语问题上已经争取到熊三拔的支持。两人分别在1617年和1618年向维埃拉递交了一篇关于术语问题的论文，反对使用“上帝”或“天”来表示“DEUS”。在澳门的传教士陆若汉（陆若汉，葡萄牙传教士，少年时即在日本生活，为日本信教大名所雇用，1580年加入耶稣会，1614年被逐出日本后避居澳门，曾随公沙的西劳率葡萄牙雇佣军参与明与后金战争，登莱之战中受重伤，幸免于死，后返回澳门，卒于该地。）（Jean Rodriguez Tcuzzu，1561—1634）和卡米洛·蒂·克斯坦佐（卡米洛·蒂·克斯坦佐，意大利传教士，卒于澳门。）(Camillo di Costanzo，？—1646)也撰文批评利玛窦的术语选择方针。维埃拉虽然同巴范济一样偏向于龙华民的观点，但他知道在耶稣会中国传教区中有着广泛影响力的庞迪我和王丰肃（王丰肃，又名高一志，意大利传教士，1605年入华，曾在南京传教。“南京教案”中被捕，后被逐往澳门。1624年重返中国内地，在山西各地传教，卒于山西绛州。）（Alphonse Vagnoni，1566—1640）是支持利玛窦观点的，于是维埃拉让庞、王两人也撰写关于术语问题的文章。庞、王撰写的文章明确支持利玛窦的观点，并针锋相对地批驳了龙华民和熊三拔的意见。这次讨论最后还是以无结果而告终。
1621年，视察员骆入禄（骆入禄，葡萄牙传教士，1605年入华。曾在韶州、南昌传教，后返回澳门，曾任视察员，卒于该地。）（Jerónimo Rodrigues，？—1630）为了解决术语问题的争论，在澳门召开了一次讨论会议。因为到会人员大多赞成利玛窦的观点，于是骆入禄发布指示，支持继续使用利玛窦选择的术语。顽强的龙华民要求重新审议此次会议的决定，但被骆入禄拒绝。而龙华民在此后几年里先后写成《孔子及其教理》（De Confucio ejusque doctrina tractatus）等文章，继续对利玛窦使用的术语进行批评。而支持利玛窦观点的传教士也撰文批驳龙华民等的观点。王丰肃针对龙华民对《天主实义》的异议，于1626年8月致函视察员班安德（Andre Palmeiro）加以反驳，次年传教士费乐德（费乐德，葡萄牙传教士，1608年加入耶稣会，1622年入华。曾在浙江、开封传教，卒于开封。）（Rodrigo de Figueredo，1594—1642）也撰文批评陆若汉，支持利玛窦的主张。结果又引起史惟贞（史惟贞，法国传教士，1603年入耶稣会，1613年入华。先后在江西、湖广、南京传教，后在江上乘船时遇盗贼死于江中。）（Pierre Van Spiere，1584—1627）的批评。
在华耶稣会士们争论的第二个问题是知识传教策略。对于以知识传教的手段来打开中国的大门，所有在华的传教士都无异议。但分歧发生在耶稣会士在中国初步站稳脚跟之后，一些耶稣会士认为传教士的主要工作应该是传播福音，而与之无关的工作应该尽量减少。在术语问题上坚决支持利玛窦观点的王丰肃，在这个问题上又成了利玛窦的坚定反对者。几任耶稣会东亚视察员也持有类似的看法。1615年，担任耶稣会日本省区会长的瓦伦狄姆·卡尔瓦罗（Valentim Carvalho）就曾在澳门发布通令，禁止耶稣会士使用利玛窦的传教方法，命令他们不得教授中国人数学和哲学，只能专心宣教。（参见［美］邓恩著，余三乐、石蓉译：《从利玛窦到汤若望——晚明的耶稣会传教士》，第124页。这一命令不久后被撤销了。）1629年，当时担任耶稣会日本和中国省区巡察使的班安德对于当地某些传教士热心传播科学的行为也表示了否定和谴责。（参见［法］谢和耐：《中国与基督教》（增补本），上海古籍出版社2003年版，第8页。）这种争论的存在和禁令的发布（尽管很快就取消了），对于耶稣会士们传播科技知识的热情产生了不利的影响，也在一定程度上妨碍了西学在中国的传播。（徐光启在《泰西水法》序中提到：“迄余服阕趋朝，而先生（利玛窦——引者注）已长逝矣。间以请于熊（三拔——引者注）先生，唯唯者久之。察其心神，殆无吝色也，而顾有怍色。余因私揣焉。无吝色者，诸君子讲学论道，所求者，亡非福国庇民，矧兹土苴以为人，岂不视犹敝屣哉？有怍色者，深恐此法盛传，天下后世见视以公输墨翟，即非其数万里东来，捐顶踵，冒危难，牖世兼善之意耳。辄解之曰：人富而仁义附焉，或东西之通理也。道之精微，拯人之神；事理粗迹，拯人之形。并说之，并传之，以俟知者，不亦可乎？”（明）徐光启：《泰西水法序》，徐宗泽：《明清间耶稣会士译著提要》，第309页。对于这段叙述，许多涉及中西关系史的论著都有提及。以往有些论著认为这反映了耶稣会士在传播科学中的藏私之举动。甚至加之以排斥、阻挠传播近代科学的罪名。笔者以为对传教士们而言，将传播福音置于第一位自是理所当然，从这一立场出发，他们当然不愿仅成为科技知识的传播者。但知识传教策略在中国取得的良好效果又使他们不能不担当在中国传播西方科技知识的角色。而随着教会内部对于知识传教策略争论的激烈化，必然令传教士们在传播科技知识时更加心存疑虑，在传授非福音的西学知识时犹豫再三。）
第三个争论问题是涉及如何对待中国礼仪，尤其是中国人传统礼俗中的祭祖和祭孔礼仪。这两种礼仪在一个正统的基督徒看来确实带有宗教崇拜的含义，与天主教信仰是互相排斥的。利玛窦来华之初也持有类似的看法，并曾禁止中国信徒参加这类礼仪。但他很快意识到，坚持这种立场将令耶稣会的在华传教事业没有任何发展和成功的希望。祭祀祖先是孝道的最大表现，如果中国信徒拒绝参与，将使其受到整个家族和社会的孤立。祭孔是士人必须参加的仪式，如果拒绝参与，那不仅入仕无望，还要被整个士大夫阶层所排斥。
鉴于上述情况，利玛窦只能采取与中国现实状况相适应的策略，即允许信徒参加祭祖和祭孔礼仪。为了避免与天主教信仰发生冲突，利玛窦尽量淡化这两种礼仪的宗教色彩。他认为孔子对鬼神持不可知论立场，由他倡导的仪式不可能带有宗教意义，原始的祭祖和祭孔礼仪只是表示后人对前人和孔子的尊敬之情，并不带有宗教信仰的色彩。至于在当前社会中举行的祭祀礼仪中出现的迷信行为和宗教崇拜，利玛窦将其归结为是受到后世佛道等错误信仰污染所至，只要清除这些迷信成分，举行的礼仪就不与天主教的信仰相冲突。
1603年，利玛窦就在华传教士如何对待中国礼仪问题做出了最后的决定。其主要规定为：（1）遵守中国传统的尊孔礼仪；（2）中国的祭祖仪式基本上不属于迷信。（参见［美］苏尔、诺尔：《中国礼仪之争西文文献一百篇(1645—1941)》，上海古籍出版社2001年版，第21页。）
对于利玛窦在中国礼仪问题上的决定，在华耶稣会士普遍持接受的态度，在对中国社会有了较为深入了解后他们很自然地认识到“许可这些礼仪有危险，但压制他们危险更大”（Joseph Sebes：“The Precursors of Ricci”，in East meets West：The Jesuits in China，1582—1773，Chicago，1982，pp.48.）。即使是对中国礼仪颇有微词的龙华民，在此问题上也基本保持沉默，没有像在术语问题上那样屡屡挑起争端。
鉴于在华耶稣会士之间关于利玛窦传教策略的讨论愈益激烈。视察员班安德决定再召开一次会议以解决纠纷。1627年底，一批耶稣会士聚集在苏南小镇嘉定，由耶稣会中国副省会长阳玛诺主持召开会议，这次会议被后来的历史研究者命名为嘉定会议。
关于嘉定会议参加者的情况至今仍存在争议，研究者的说法不太一致。邓恩认为有9名耶稣会士来到嘉定赴会。除主持者阳玛诺外，他还列举了龙华民、王丰肃（已改名为高一志）、金尼阁、李玛诺、毕方济、郭居静、曾德昭等7人。李天纲在《中国礼仪之争》中提到了出席此会议的11位传教士的姓名，除上述8人外，还有艾儒略、费奇规（费奇规，葡萄牙传教士，1588年入耶稣会，1604年入华。先后在广东、江西等地传教，卒于广州。）（Gaspard Ferreira，1571—1649）和黎宁石。至于出席会议的中国教徒，两位作者都提到了徐光启、李之藻、杨廷筠、孙元化等人。根据巴托利《中国耶稣会史》的记载，杨廷筠在1627年12月患病并在不久后去世，而嘉定会议一直进行到1628年1月底，因此杨廷筠出席会议的可能性不大。而三大柱石中的另外两位（徐光启和李之藻）作为当时最有影响力的中国信徒，孙元化作为会议的东道主，理应出席这次会议。
会议在如何对待中国人祭祖和祭孔礼仪上没有多大的分歧，出席会议的传教士大都认同利玛窦的立场。但在关于传教术语的使用上分歧十分尖锐，龙华民强烈反对使用“上帝”术语来称呼天主教中的“DEUS”（这也是他一贯的立场）。金尼阁在会上为利玛窦的选择进行了强有力的辩护。出席会议的中国信徒也一边倒地支持维护利玛窦的传教路线。但倔强的龙华民并没有退缩，双方的争论十分激烈，讨论近一个月仍无法达成一致。次年1月底，传来天启皇帝驾崩的消息，会议不得不尽快结束。“因为在这种情况下，如此多的外国人聚集在一个地方，会被人视为很危险的举动。”（［美］邓恩著，余三乐、石蓉译：《从利玛窦到汤若望——晚明的耶稣会传教士》，第285页。）嘉定会议结束时决定继续维持利玛窦开创的适应策略，但禁止在传教中使用“上帝”一词，改用“天主”这一无损于天主教纯洁性的术语。鉴于利玛窦著作在中国士大夫阶层中的广泛影响，会议同意不对其著作按照上述决定进行修订。（Joseph Sebes：“The Precursors of Ricci”，in East meets West：The Jesuits in China，1582—1773，Chicago，1982，pp.49；另可参见谢和耐：《中国和基督教》，上海古籍出版社1991年版，第50页。）
嘉定会议并没有终结关于在华耶稣会士间的争论。由于会议并未宣布“上帝”或“天”的术语是完全错误或不可接受的。龙华民因此在1633年再度撰文攻击“上帝”一词，结果引来费奇规的反驳。龙华民在回复费奇规的文章中，更进一步反对使用“天主”术语，主张以拉丁文原词“DEUS”（音译为陡斯）代替。龙华民的这一激烈见解更引发了艾儒略和曾德昭的严厉批评，并被耶稣会士在华传教团所否定。为避免关于上述问题的争论影响耶稣会在中国的传教事业，担任耶稣会中国副省会长的傅泛际神父最终下令焚毁涉及这场争论的全部著作以了结这场旷日持久的争论。龙华民撰写的大部分相关著作均因此而被毁掉，只有1623年撰著的《孔子及其教理》的副本被保存下来，后来该书辗转落入多明我会会士闵明我（闵明我，西班牙多明我会士，反对耶稣会士在华奉行的适应传教策略，曾前往罗马向教廷和教宗报告中国的情况，并要求教廷对于“礼仪之争”下确定的结论。）（Domingo Fernandez Navarrete）之手，被他收入《中华帝国历史、政治、伦理和宗教论集》（Tratados historicos，politicos，ethicos，yreligiosos de la monarchia de China），在清初西方传教士关于中国礼仪的争论中，此书成了其他天主教传教会攻击耶稣会士的重要工具。