当父亲黄尊素被录取为新科进士时，黄宗羲刚刚7岁。这一年，母亲又生下二弟宗炎。对于黄家而言，真可谓双喜临门。次年，父亲被授宁国府推官职，年仅8岁的黄宗羲便跟随父母远离家乡，在父亲的任所读书识字。天启二年（1622），宗羲13岁，为了参加郡城绍兴的“童子”考试，他从安徽宣城回到余姚。次年应试，以成绩优秀补为仁和县“博士弟子员”（县学秀才）。这一年，父亲奉调入京，任山东道监察御史。14岁的黄宗羲又跟随父母前往北京的御史官邸。当黄尊素携妻带儿开始其坎坷而险恶的宦海生涯时，少年黄宗羲也就从小培养起关心国事、分辨忠奸的强烈政治意识。他一面刻苦读书，一面从父辈的政治生涯中领略人生的道理，以求将来成为经世应务的有用之材。

《梨洲年谱》“天启四年甲子，公十五岁”条记载说：

时逆奄窃政，党论方兴。杨忠烈涟、左忠毅光斗、魏忠节大中诸公，与忠端公为同志，常夜过邸寓，屏左右论时事，独公在侧，故得尽知朝局清浊之分。（（清）黄炳垕：《黄梨洲先生年谱》卷上，《黄宗羲全集》第12册，第20页。）

然而，东林党人得以经常聚会、密室论政的时间并不长久。天启五年（1625）三月，黄尊素即因上疏弹劾魏忠贤与皇帝奶妈客氏而被撤职削籍，回到余姚。而且祸不单行，时隔一年，即天启六年（1626）三月，阉党大兴冤狱，将高攀龙、周顺昌、缪昌期、周宗建、李应升、黄尊素等七君子陆续逮捕押解京城。高攀龙不甘受辱，投水自杀。其他正直官员均被严刑拷问，折磨致死。黄尊素就是在诏狱里被阉党指使狱卒害死的。当时，尊素年仅43岁，宗羲年仅17岁。

当父亲在郡城被捕押解京城时，宗羲满怀悲愤，到绍兴送行。当时被削籍在家的黄白安好友蕺山先生刘宗周也赶来送别，并在萧寺为之饯行。临别时，父亲谆谆嘱咐儿子拜刘蕺山为师，刻苦攻读经史，以了解古今治乱兴亡的历史教训，成为国家有用之材。宗羲牢记父训，依依惜别亲人。不料泣别之日，便成永诀之时。

不久，黄尊素被害的凶信传到余姚家中，全家老少悲痛万分，宗羲的祖父黄曰中（号鲲溟公）愤怒写下“尔忘句践杀尔父乎”八个大字贴在墙上，激励孙儿为父报仇雪冤。

天启七年（1627），明熹宗朱由校驾崩，其弟朱由检即位，改元崇祯。崇祯元年（1628）正月，黄宗羲满怀对祸国殃民的魏忠贤阉党集团的深仇大恨，身藏尖锐铁锥，写下奏疏，离家赴京，为父伸冤。但当他跋涉数千里到达京师时，政局已经起了很大变化。崇祯帝为巩固政权，已于正月底下诏罢了阉党魁首魏忠贤、崔呈秀的官，迫使他们自杀，并宣布其罪状，戮尸示众。二月，平反了天启朝的冤案，恢复被诬陷诸臣的官爵，抚恤死难诸臣家属。黄尊素被赠以太中大夫、太仆寺卿（三品）官衔，赐葬银300两予以祭葬。但阉党余孽尚存，还有可能死灰复燃。宗羲于是上书崇祯皇帝，请求诛杀许显纯、崔应元、曹钦程、李实等阉党余孽。崇祯下旨，命令刑部“作速究问”。五月，刑部会审许显纯、崔应元等，黄宗羲出庭作证。在威严的刑部公堂上，黄宗羲突然取出长锥猛刺许显纯，刺得这个当年不可一世的奸臣遍身血污，狼狈不堪。但他狡辩说，自己是万历皇后的外甥，根据法律可以减刑。黄宗羲义正辞严地驳斥说：“显纯与阉党难，忠良尽死其手，当与谋逆同科。夫谋逆则以亲王高熙、宸濠尚不免于戮，况皇后之外亲乎！”审讯结果，宣判许、崔两人死刑。黄宗羲当众痛打了崔应元，拔了他的胡须，来祭祀先父的亡灵。宗羲又与死难忠臣周宗建之子廷祚、夏之令之子夏承一起抓来当年直接害死忠臣的凶手狱卒，将他们乱棍打死。宗羲又在与阉党分子李实对簿公堂时，愤怒揭露李实对他行贿以求免死的罪恶行径，并再次锥刺阉臣。

审判结束后，黄宗羲与死难诸家子弟一起，在诏狱中门祭奠忠魂，哭声如雷，声震内廷。崇祯帝知道后，叹息说：“忠臣孤子，甚恻朕怀！”（（清）全祖望：《梨洲先生神道碑文》，《鲒亭集》外编卷十一。）

黄宗羲入京讼冤、锥刺阉党的英勇事迹，轰动了整个京城，也传遍朝野上下。“当是时，先生义勇勃发，自分一死，冲仇人胸。赖天子仁明，念忠臣遗孤子，不加罪。会审之日，观者无不裂眦变容。当是时，姚江黄孝子之名震天下。事定还里，四方名士无不停舟黄竹浦，愿交孝子者。”（（清）邵廷采：《思复堂文集》卷三，《遗献黄文孝先生传》。）年轻的黄宗羲，给人们留下了大智大勇大孝大义的深刻印象。