黄宗羲晚年曾作《怪说》一文，回忆说：
自北兵南下，悬书购余者二，名捕者一，守围城者一，以谋反告讦者二三，绝气沙者一昼夜，其他连染逻哨之所及，无岁无之，可谓濒于十死者矣！（（明末清初）黄宗羲：《南雷余集·怪说》，《黄宗羲全集》第11册，第70页。）
这是梨洲先生在抗清斗争中所历艰险的真实写照。
明崇祯十七年甲申岁（清顺治元年，1644）三月，李自成农民军攻占北京，崇祯皇帝在煤山上吊自杀，宣告了明朝中央政权的覆灭。接着，李自成兵败山海关，退回北京，草草登基称帝，改国号为“大顺”。前明总兵吴三桂招引清兵大举入关。清军在摄政王多尔衮率领下打败了李自成农民军，很快占领北京，建立了全国性的大清政权。次年五月，清军挥师南下，很快就占领陪都南京，瓦解了南明弘光政权的抵抗。接着豫亲王多铎率部向浙江推进。六月十三日，杭城失守，明军溃散，潞王朱常投降。当时黄宗羲在杭州见到友人熊开元（字鱼山），两人“感慨时事，呜咽而别”。六月十三日，黄宗羲的老师刘宗周得知潞王投降、杭城失守的消息后，感到明朝大势已去，他也无力回天了。于是痛哭说：“这是我以身殉国的时候了。”从此开始绝食。黄宗羲听说恩师绝食，急忙从余姚步行200里路赶到绍兴郊外的山村去探望。到达时，宗周已绝食20天了。宗羲不敢大哭，只是热泪盈眶地向老师诉说来意。宗周已经奄奄一息，唯有点头而已。探望之后，宗羲又徒步返回余姚，奉侍母亲暂避乡下观望形势。
这年闰六月初九日，原明九江道佥事孙嘉绩（字硕肤）和吏科给事中熊汝霖（字雨殷）号召民众冲进县衙，杀了清廷委任的余姚县令王元如，从而在浙东地区举起了第一面反清的义旗，参加起义的民众积极响应，几天之内，队伍就发展到数千人。余姚首义，震撼了浙东，起义很快蔓延到绍兴、宁波、慈溪等府县。六月十一日，绍兴府秀才郑遵谦杀了清朝招抚使，在绍兴举义，并推举原明大理寺丞章正宸（字格庵）出面主持大局。十二日，原明刑部员外郎钱肃乐（字希声）等在宁波聚众举义。本来已准备降清的定海总兵王之仁也率兵响应，主动接受肃乐约束。还有原明兵部尚书张国维也在家乡积极组织乡民，投入武装抗清。六月二十七日，各路义军从台州迎接鲁王朱以海到绍兴，打起监国旗号，以顺治三年（1646）为监国鲁元年。于是，开始了长达8年（1645—1653）的浙东抗清斗争。
当熊汝霖、孙嘉绩在余姚举兵反清时，黄宗羲立即积极响应，他与弟弟宗炎、宗会商议，变卖家产以作抗清经费，集合了家乡黄竹浦一带600多名青壮年农民组成一支义军，跟随熊汝霖、孙嘉绩的义军去迎接鲁王朱以海。当时，人们称黄宗羲兄弟领导的黄竹埔义军为“世忠营”，期望他们像南宋抗金名将韩世忠那样在抗清斗争中建功立业。次年二月，鲁王任命黄宗羲担任兵部职方司主事。宗羲请求以“布衣”从军，但未获准许。不久，又因大臣柯夏卿与孙嘉绩等人交相举荐，改任黄宗羲为监察御史兼职方司主事。
在追随监国鲁王抗清期间，黄宗羲提出了不少深谋远虑的战略主张，也提出过许多积极进取的策略。但大部分都未被采纳。
鲁王政权建立不久，几十支义军北渡钱塘江，虽曾屡次挫败清军，但主将王之仁、方国安等目光短浅，一味图保自己实力，主张以钱塘江为界“划江而守”，甚至提出“划地分饷”的分裂性政策。这年十一月，曾经祸害了南明弘光政权的马士英和阮大铖率残兵败将逃到浙东，投奔鲁王麾下大将方国安军营。还想朝见鲁王。鲁王没有同意，把这事拿到君臣会议上讨论。群臣义愤填膺，大多主张杀马士英以正其罪。但督师熊汝霖担心马士英挑拨方国安，以致酿成意外，就出面调和说：“现在不是杀马士英的时候，还是让他立功赎罪吧。”时任兵部主事的黄宗羲坚决反对这种不分是非的和稀泥态度，对熊汝霖说：“（士英）非不当杀，（诸臣）但不能杀耳。然春秋之义，孔子亦岂能杀陈恒？固不可言不当杀也。”（《行朝录·鲁王监国纪年上》，《黄宗羲全集》第2册，第129页。）熊汝霖只好认错。
这年十二月，为宣示鲁王继承明朝政权的正当性，鲁王铸造了“大明通宝”钱发行浙东。黄宗羲则受命编制了《监国鲁元年丙戌大统历》，由鲁王颁行于浙东地区。
监国鲁王元年（1646），鲁王政权以绍兴为根据地，继续与清军对抗，也曾取得几个小战役的胜利。如该年三月，“王之仁率水师袭战，乘风碎北船数十只。郑遵谦获铁甲八百余副”；四月，“王正中率师渡海盐，破澉浦城”，也算小胜。但大将王之仁坚持保守策略，不思进取。黄宗羲曾致书王之仁，指出保守策略的危险性。他分析说：“诸公何不沉舟决战，由赭山直趋浙西？而日于江上放船鸣鼓，攻其有备，盖意在自守也。蕞尔三府，以供十万之众，北兵即不发一矢，一年之后，恐不能支，何守之为！”又说：“崇明江海之门户，曷以兵扰之，亦足分江上之势。”（转引自全祖望：《梨洲先生神道碑文》，《黄宗羲全集》第12册，第6页。）之仁与行朝诸臣虽然同意黄宗羲的看法，却不能付诸实践。
该年五月，鲁王加封督师孙嘉绩、熊汝霖为东阁大学士，但无实权。孙嘉绩将所属“火攻营”交给黄宗羲指挥。宗羲便与王正中联合，组成一支3000人的队伍，又联合查继佐所属义军，一同西行渡海，驻扎在潭山。浙西抗清义军的首领陈潜夫（南明太仆寺卿）、宋大定（尚宝司卿）、吴乃武（兵部主事）等率军与黄宗羲军会师，并自愿受其约束。这支义师队伍十分严整，前锋直抵乍浦城下。宗羲又与城内义士孙爽约定，准备里应外合，夺取乍浦。但这时，清军主力已抵乍浦不远，且已作了渡江东进准备。因此，王正中部作战失利。五月底，钱塘江水位猛降，而守卫南岸的方国安却恃险无备，被清军乘夜策马过江，致使浙师大败。六月初一，清军占领绍兴，大臣张国维、主将王之仁战死。方国安劫持鲁王朱以海出逃，后与马士英、阮大铖一起降清。
这次败绩，史称“浙江兵溃”或“江上兵溃”。黄宗羲非常痛心地评论说：
当义旗初建，士民喟然有吞吴、楚之气，方、王肯受约束，趋死不顾利害，竟渡钱塘江。此时，北师之席未暖，三吴豪杰，寻声而响臻，未必不可与天下争衡也。某尝与王之仁言：“公等不从赭山以下进师，而攻其有备，意盖在自守也。蕞尔两府，以供十万之众，即北师坐视不发一矢，一年之后，亦涤地无遗类矣。”之仁韪其言而不能用，日与两督师争长短，一死不足赎也。（《行朝录·鲁王监国纪年上》，《黄宗羲全集》第2册，第131页。）
江上兵溃，对浙东抗清事业是个沉重打击，但黄宗羲的抗清斗志并没有丝毫动摇。他毅然率领残部500余人退入浙江的四明山区，驻军杖锡寺内，意在结寨固守，作为抗清根据地。六月二十日，为了访求鲁王的下落，黄宗羲化装外出。临行，告诫部将茅瀚、汪涵要团结山民，严禁部众骚扰群众。但宗羲走后，部下不听节制，抢夺粮食，激起民愤。山民烧毁了杖锡寺，茅、汪二将被烧死，余众也被清兵围歼。宗羲无营可归，不得不潜回余姚家中，伺机再起，又因清政府悬赏捉拿他的缉捕令一再下达，宗羲被迫奉持老母，携带妻儿，避居化安山丙舍。次年，又回到黄竹浦故居隐居。
鲁王朱以海得知方国安将出卖自己投降清朝，遂从营中逃出，在张名振、郑彩等人保护下，先到舟山，再南下入闽，在海上重立监国旗号。其部下也曾一度收复福建沿海三府一州二十七县。但由于鲁王政权内部文武臣僚相互倾轧，以致得地复失。监国鲁王四年（清顺治六年，1649）七月，鲁王由闽入浙，驻军于健跳所（今属浙江临海）的海面上。黄宗羲闻讯前往归队。鲁王任命他为左佥都御史，接着又提升为左副都御史。这时，黄宗羲多么希望鲁王政权大有作为！他上书鲁王，极力推荐在四明山抗清斗争中建立战功的王翊，请求鲁王委以重任。奏章中说：“诸营之强，莫如王翊；其乃心王室，亦莫如翊；诸营文臣辄自称都御史、侍郎，武臣自称都督，其不自张大，亦莫如翊，宜优其爵，使之总临诸营，以捍海上。”（见（清）全祖望：《梨洲先生神道碑文》，并参见黄宗羲：《行朝录·四明山寨记》。）但这个建议遭到定西侯张名振的反对，鲁王也只给了王翊河南御史的虚衔。
这时的黄宗羲虽然名列大臣，但却无兵权，政策建议又不被采纳。实际上处于英雄无用武之地。于是，天天与礼部尚书吴钟峦坐在海船之中，读书论学之外，就潜心研究、注解《授时历》、《西洋历》、《回回历》等书。这年八月，宗羲听说清政府下令，将所有不肯降顺的明朝官员的家属登记上报。黄宗羲担心母亲受到株连，叹息说：“主上以忠臣之后仗我，我所以栖栖不忍去也。今方寸乱矣，吾不能为姜伯约矣！”（见（清）全祖望：《梨洲先生神道碑文》，《黄宗羲全集》第12册。）于是，黄宗羲上书鲁王，请求回家奉养母亲，以尽人子之孝。鲁王亦准其所请，同意他改换姓名回家料理。不久，鲁王移驻舟山，又召宗羲返朝。宗羲以抗清大局为重，回到了监国行朝。
监国鲁王四年冬天，鲁王听从荡胡伯阮进和定西侯张名振的上疏建议，任命澄波将军阮美为使臣出使日本，请求日本派兵援明。同时，任命兵部右侍郎冯京第及左副都御史，黄宗羲作为监军官员同行。他们从舟山普陀出发，渡海到达长崎和撒斯玛岛（一译萨斯玛，即日本九州南端的鹿儿岛），虽然受到日本藩王的接待，然而并未答应派兵。根据黄宗羲《行朝录·日本乞师记》的记载，日本不愿或不能派兵援明的原因主要有三个：一是由于当时日本发生杀死西洋传教士的案件，西洋人借机复仇，“大舶载炮而来，与日本为难，日本讲解始退”，南明乞师的时机不对，故“不得要领”而返；二是使者队伍里有被日本驱逐的中国僧人，日本因此不愿派兵；三是日本自宽永时代（宽永是日本后水尾天皇、明正天皇、后光明天皇共用的年号，相当于明熹宗天启四年至清顺治元年即公元1624至1644年间。但实权掌握在德川幕府的第三代将军德川家光手里（1604—1651）。）以来，“承平久矣，其人多好诗书……故老不见兵革之事，本国且忘武备，岂能渡海为人复仇乎！”（（清）全祖望：《梨洲先生神道碑文》：“是年，监国由健跳至翁洲，复召公副冯公京第乞师日本，抵长崎，不得请。公为赋式微之章以感将士。（是冯公第二次乞师事。）……公有《日本乞师纪》，但载冯侍郎奉使始末，而于己无豫，诸家亦未有言公曾东行者。乃《避地赋》则有曰：‘历长崎与萨斯玛兮，方粉饰夫隆平；招商人以书舶兮，七昱缘于东京；予既恶其汰侈兮，日者亦言帝杀夫青龙；返旆而西行兮，胡为乎泥中！’则是公尝偕冯以行，而后讳之，顾略见其事于赋。予以问公孙千人，亦愕然不知也。事经百年，始考得之。”民国学者梁启超与近人谢国桢对梨洲乞师之说有所质疑，认为时间不对。然而翁洲老民之《海东逸史》、全祖望之《梨洲先生神道碑文》、黄炳垕之《黄梨洲年谱》、李聿求之《鲁之春秋》均确认其事。拙著《黄宗羲遗著考（二）·行朝录考》列举五条证据考定梨洲确有乞师日本之行，并撰著了《日本乞师记》。详见《黄宗羲全集》第2册附录，第561—564页。）所以，南明政权多次乞师日本都以失败告终。出使归来以后，宗羲在行朝人微言轻，势单力薄，眼见事不可为，故不再在行朝任职，而回故乡隐居。
监国鲁王五年（清顺治七年，1650），清军加紧镇压四明山和舟山地区的抗清志士，对查获与义师有牵连的人及其家属，或逮捕囚禁，或立即杀害。黄宗羲与四明山抗清名将冯京第、王翊，均被悬赏通缉。但宗羲并未放弃抗清斗争。他曾携带鲁王密信（帛书）试图联络金华地区义师，但图谋失败。当年七月，清军进攻四明山寨的大兰山基地，义军被歼，首领冯京第、王翊均被杀害。
监国鲁王六年（清顺治八年，1651）夏秋之交，黄宗羲得知清军将进攻浙东抗清根据地舟山，于是秘密派人入海向鲁王报警。九月，清军果然大举进攻舟山。鲁王部下经过顽强抵抗之后，终因寡不敌众，被清兵攻下了舟山城。在舟山保卫战中，大将军阮进、刘世勋、都督张名扬等在杀伤敌兵千余人后壮烈牺牲，大学士张肯堂、礼部尚书吴钟峦等自杀殉国，吏部侍郎朱永佑、兵部尚书李向中等被捕后不屈而死。连清朝官兵都感叹不已地说：“吾兵南下，所不易拔者，泾县、江阴，合舟山而三耳！”（（明末清初）黄宗羲：《行朝录·鲁王监国纪年下》，《黄宗羲全集》第2册，第140页，第141页。）
鲁王失去根据地后，在定西侯张名振、兵部左侍郎张煌言等保护下漂泊海上，依附于郑成功。鲁监国八年（清顺治十年，1653）三月，大势已去的鲁王朱以海在金门岛宣布取消“监国”称号，从而也宣告了浙东抗清斗争的彻底失败。黄宗羲痛定思痛，在其所著《行朝录·鲁王监国纪年》的末尾以“史臣”名义评论说：
史臣曰：上自浙河失守以后，虽复郡邑，而以海水为金汤，舟楫为宫殿，陆处者惟舟山二年耳。海泊中最苦于水，侵晨洗沐，不过一盏。舱大周身，穴而下，两人侧卧，仍盖所下之穴，无异处于棺中也。御舟稍大，名河船，其顶即为朝房，诸臣议事在焉。落日狂涛，君臣相对，乱礁穷岛，衣冠聚谈。是故金鳌橘火，零丁飘絮，未罄其形容也。有天下者，以兹亡国之惨，图之殿壁，可以得师矣！（（明末清初）黄宗羲：《行朝录·鲁王监国纪年下》，《黄宗羲全集》第2册，第140页，第141页。）
清顺治十一年（1654），已经投奔南明永历政权的定西侯张名振派出密使与黄宗羲等人联络，但密使行至天台即被清兵俘获，于是清政府又到处搜捕黄宗羲。顺治十三年（1656），慈溪抗清义士沈尔绪被人告发。清政府认为黄宗羲是主谋，又四处张榜缉捕黄宗羲。在这几年颠沛流离、艰难困苦的生活中，黄宗羲一家也累遭祸殃。其弟黄宗炎因为参与了四明山冯京第的抗清斗争，被清军抓获打入死牢，险些被处死，幸赖友人设计营救才得以死里逃生。在顺治十二年（1655）末至次年四、五月间，黄宗羲最疼爱的聪明伶俐的小儿子阿寿在大年除夕不幸夭亡，二儿媳孙氏和另一个孙子，也都因遭逢乱世、家贫无力治病而相继离开人间。黄宗羲悲痛万分，破例为5岁夭亡的寿儿写下了《亡儿阿寿圹志》，并用六首哭儿诗作为志铭。当儿媳客死他乡、孙儿又因出痘夭殇时，宗羲悲痛地写下了二首题名《子妇客死一孙又以痘殇》的悼亡诗，诗云：
朅来四月叠三丧，咄咄书空怪欲狂。
八口旅人将去半，十年乱世尚无央。
不知负行缘何事？如此忧心得不伤！
白日独行城郭内，莽然墟墓觉凄凉。
滑滑声来古渡边，两僮舁椟下江船。
干戈尚阻离人哭，风雨不飞买路钱。
遮骨蓬蒿怜一尺，惊心花鸟怨千年。
虽知聚散徒为尔，临水登高总泫然！（《南雷诗历》卷一，《黄宗羲全集》第11册，第229页。）
这被乱世干戈阻断的人世亲情，岂不令人怨恨千年！难怪这位正值中年即已自称“梨洲老人”的思想家，要痛心疾首地批判揭露君主们“屠毒天下之肝脑，离散天下之子女，以博我一人之产业，曾不惨然”的滔天大罪，从而得出“为天下之大害者，君而已矣”的结论了。这既是黄宗羲理性思想的表达，也是梨洲老人亲身经历的感性体验。后来，在康熙元年壬寅（1662）二月与五月，黄宗羲本来已经支离破碎的龙虎山堂故居又连续两次遭遇祝融的破坏，他被迫迁居蓝溪河畔的陆家埠暂居。他在《五月复遇火》的诗中写道：
局促返旧居，鸡犬共一轩。
缩头床下雨，眯眼灶中燔。
南风怪事发，正当子夜前。
排墙得生命，再拜告九圆。
臣年已五十，否极不终还。
发言多冒人，举足辄违天。
半生滨十死，两火际一年。
莫言茅屋陋，宾客非等闲。
鬼目不相，而逊华堂坚。
其理不可解，辨说空田田。
昨者刘伯绳，为我不安眠。
仆本方外人，岂终保丘园！（《南雷诗历》卷一，《黄宗羲全集》第11册，第246页。）
虽然是“八口旅人将去半，临水登高总泫然”，尽管是“臣年已五十，否极不终还。半生滨十死，两火际一年”，但人生道路上的种种苦难与打击，并没有使这位梨洲老人低头屈服，反而磨砺了他的意志，丰富了社会经验，深化了理性思考。他在抗清斗争失败后，告别了刀光剑影的戎马生涯，而致力于讲学著书的学术事业。他在后半生40多年的人生经历中，用自己充满战斗激情和博学多才的文笔，写下了大量有关政治、历史、哲学、文学的著作。这些著作闪耀着时代的光辉，记录了一位文化巨人的历史贡献，也奠定了黄宗羲作为伟大思想家的历史地位。