1980年代末，美苏冷战结束对世界格局产生了巨大的影响。西方一些思想家，如弗兰西斯·福山认为社会主义已经完结，世界上剩下的只有文化之间的冲突。80年代末90年代初日本正处于泡沫经济的高潮，似乎也正印证了福山的论调。面对日本国内外的新形势，柄谷行人在1990年版《马克思及其可能的中心》的“学术文库版的后记”中写道：

我开始在《群像》连载马克思论的时候是1970年代初，当时一般认为新左翼已经崩溃、“马克思已经过时”。上溯更早，我开始认真阅读马克思的时候是1960年代初，当时也是鼓噪“意识形态终结”“马克思已经终结”。即是说，我是在“马克思=黑格尔主义终结”的意义上，换言之是当做后黑格尔的思想家在阅读马克思的。现在看来，这毫不奇怪。因为无论什么终结，“资本主义”还没有终结。或许应该说，“资本主义”作为把终结无限地延期的制度，总是不断地背叛我们在“终结”（目的）的意义上的思维方式。柄谷行人：『マルクスその可能性の中心』，東京：講談社，1990年，第238頁。

柄谷认为，只要资本主义没有终结，围绕市场和资源的争夺就不会完结，而根植于资本主义制度的问题也不会消失，因此将解剖“资本主义”作为终生课题的马克思理论也是不会过时的。随后世界和日本国内的社会动向验证了柄谷的观点。1991年爆发海湾战争，1995年爆发波黑战争。“九·一一”事件之后，美国在打击恐怖主义的旗帜下，发动了阿富汗战争和伊拉克战争，世界处于动荡不安的状态中。这些军事行动的背后隐藏着美国争夺中东石油和称霸世界的企图。

与此同时，日本国内泡沫经济崩溃，进入战后最长的经济不景气时期。1991年，日本虽然没有派军队参加海湾战争，但却承担了战争期间的燃料费用。柄谷对此感到深深的忧虑，指出这是日本在战后第一次“参战”。他说，近几年不绝于耳的“终结”之声，其实表明了人们直觉地感到处于某种“事前”。并直言不讳地指出，这个“事前”就是“战前”。1990年代以后，日本政治思潮总体右倾化，一再发生否定第二次世界大战的事件，修改和平宪法的叫声也越来越高。柄谷认为90年代的这种社会动向与30年代日本发动战争之前的社会动向极为相似。于是他提出要进行一种思考的实验--“战前的思考”：“不管实际上有无战争，将自己放在‘战前’，就会具有真正的战前思考。为了不重复战前，我们需要战前的思考。”柄谷行人：『「戦前」の思考』，東京：講談社，2001年，第250頁。从这一角度出发，他陆续写了《日本殖民地主义的起源》、《帝国和民族》等文章，批判日本现代的殖民地主义，防止狭隘的民族主义死灰复燃。

同一时期，左翼批评家小森阳一从日本现代国语和现代文学的角度，也开始考察日本现代民族国家形成的问题。一般文学史认为，“文言一致体”是将书写和阅读从少数知识分子手中解放出来的、具有民主性的文体。由于排斥了近代之前的公共文体--汉文体，因此是一种“自然”的日语表达方式。但小森认为，“文言一致体”不仅是人工合成的，且由于这一事后命名的“文言一致体”名称造成了“口语直接变成文章的幻想”，“在结果上隐蔽了《浮云》诞生时的、口语和书写之间的‘摇曳’和围绕翻译的‘摇曳’”。小森陽一：『「ゆらぎ」の日本文学』，東京：日本放送出版協会，1998年，第20頁。《浮云》是日本近代文学史上第一部运用“文言一致体”创作的小说。作者二叶亭四迷在创作这部小说时，的确如一般文学史指出的那样曾经参考过三游亭圆朝的“落语”（一种单口相声），但是小森提醒说，所谓“参考”不可理解为二叶亭直接记录了圆朝口头表演的“口语”。因为当时圆朝的“落语”已经运用刚引入日本的速记技术记录下来、并以铅字印刷的方式流通。二叶亭四迷参考的应该是用铅字印刷、经过双重翻译的“书面语言”的日语。本来速记是在召开国会的1880年，为记录议会的议事录而引进的，在《浮云》执笔的时候，地方议会已经开始使用。其技术当时把最受欢迎的圆朝的“落语”变成可以阅读的书籍，和商业结合起来。以速记这一技术为媒介来看，就可以发现“口语”用文字书写本身是一种“翻译”。速记技术是和通常的文字体系不同的，正是为了速记而形成的独立的符号体系。第一个阶段，圆朝实际作的“口语”速记者转换成速记符号。第二阶段速记者把速记符号转换成汉字假名混合文。第三阶段大概是圆朝本人校阅转换成“书写文字”的自己的“讲话”，完成原稿。作为“讲话”的圆朝的日语，一旦被翻译成速记符号这样的另一种语言体系，然后又从速记符号翻译成作为“书写语言”的日语，小森阳一认为，二叶亭四迷在创作《浮云》时参考的就是这样铅字印刷的、经过双重翻译过程的“书面语言”的日语（小森陽一『「ゆらぎ」の日本文学』，東京：日本放送出版協会，1998年，第22頁）。而“文言一致体”定型于明治三十年代则又和甲午战争后日本帝国主义为了统治北海道、冲绳的殖民地的政策密切相关。小森通过对日本现代国语和现代文学形成过程的分析，揭露日本现代民族国家在形成的过程中对个人的压制，以及对亚洲其他国家的残酷殖民。

从90年代后半期开始，小森将对日本现代民族国家的批判和“天皇制”联系起来。在他看来日本现代民族国家的根本特征就是“天皇制”。“天皇制”这个概念是1920年代由马克思主义者提出的，意指神圣不可侵犯的天皇总揽统治权。传统的日本马克思主义者在大多数场合把“天皇制”看成封建制度所残存的制度，他们认为作为“资产阶级革命”的明治维新非常不彻底，它保存了实为封建制度遗存的“天皇制”。但小森强调，现代之前的“天皇制”与现代“天皇制”是不同的。如果认识不到这种差异，就无法真正把握现代“天皇制”的本质。现代“天皇制”是明治维新之后成立的，经大日本帝国宪法以法律方式确立的绝对主义性质的政权机构。小森阳一：《天皇的玉音放送》“中文版序言”，陈多友译，三联书店，2004年，第5-6页。小森在2001年出版的《日本近代国语批判》中，通过对颁布于1882年和1890年的两个文本，以及对同一时期的“文言一致”运动的分析，从语言的角度分析了《军人敕谕》和《教育敕语》在建立民族国家过程中所发挥的政治功能。在2003年出版的《天皇的玉音放送》中，则通过对《终战诏书》这一历史文本的分析，分析战败后对日本实施占领的美国盟军当局，与试图继续保存“天皇制”的政治势力怀着什么样的目的、采取什么样的协调机制，建筑起战后“象征天皇制”的。小森一针见血地指出：“天皇制‘国体’被视为抑制‘共产革命’的唯一国家装置，保存天皇制‘国体’这一行为，等于全面免除了裕仁的战争责任，与他相关联的‘现代天皇制’的殖民地统治的责任也变得含糊化，甚至最终不了了之。”小森阳一：《日本近代国语批判》，陈多友译，吉林人民出版社，2003年，第2页。这就是为什么战败后的日本会对侵略战争与殖民地统治时期的战争加害责任表现出暧昧不清的态度的原因所在。

小森的分析没有停留在对历史事实的认定上，而是进一步剖析了“天皇制”零符号结构的特征。他认为，“天皇制”本身并不是实体，而是不同的当政者借以化解危机、实施统治的一个工具。无论是明治维新和发动侵华战争的时候，还是第二次世界大战后美国为了实施亚洲战略，都利用了“天皇制”。直至今天，“天皇象征制”仍然在支撑着小泉纯一郎政府所使用的“日本人的精神”等话语。这样，小森就将批判矛头指向了日本当代政治以及布什政权的霸权主义。

关注当代的社会问题，并积极地投身于社会政治斗争，可以说是1990年代后日本左翼批评的一大特征。赵京华在《日本后现代与知识左翼》（三联书店，2007年）中也指出90年代左翼批评的这一倾向。柄谷在1970年代开始马克思主义理论批评的时候，强调阶级斗争是意识形态的斗争，但从1990年代中期开始，走出书斋在知识分子中发起了“NAM运动”，即基于伦理交换原理的“新合作制运动”，希望通过实际的运动来改变资本主义的交换制度。小森则更注重当下的社会重大问题，就历史教科书问题、维护和平宪法问题、日本的“有事法案”、教育基本法等问题展开积极的批评活动。2004年小森与加藤周一、大江健三郎等九位德高望重的文化人共同成立了维护和平宪法第九条的“九条会”，任事务局长，在日本全国进行巡回演讲阻止修改宪法第九条。2005年3月，小森阳一和加藤周一一同来到中国，在清华大学以“日本宪法与‘九条会’”为题作了演讲。

马克思主义传入日本已经一百多年，经历了许多曲折历程，但是日本知识分子总是不断根据国际国内的社会状况运用马克思主义作为理论武器剖析现实，并与之进行斗争，而也正是在这一过程中不断丰富和发展了马克思主义理论和马克思主义文艺理论。