一、作为条约保障的《欧洲人权公约》
《欧洲人权公约》类似于成文宪法，本质上为一种“概括性条款体系”，其内容具有明显的原则性和一定的开放性。其制订方式、立法方法类似于英国《权利法案》、美国《权利法案》、法国的《人权和公民权宣言》以及德国《基本法》的第一节，需要国内立法和人权法院判例对其内容作出更具体的界定和阐释。
欧洲理事会与《欧洲人权公约》的基本价值是人权、民主和法治，在基本价值的指引和约束下，形成了若干基本原则。
（一）平等原则。在各国管辖权内，不论国籍如何，或者是否为欧洲理事会之会员国之国民，均受平等的权利保障。
（二）集体保障原则。如公约序言所述，通过国际合作机制、集体保障办法，促使《世界人权宣言》所载各种权利获得尊重和保障。
《欧洲人权公约》
（三）不歧视原则。即如公约第14条所言，人权之享有不因性别、种族、肤色、语言或宗教诸因素而有所不同。此原则是平等原则的另一种表达。
（四）不回溯既往原则。基于“法不溯及既往”的法治原则，会员国在公约生效日前的行为，不受本公约之拘束。
（五）限定原则。公约中所保障之权利及自由，采列举主义而非概括主义。未被列举的权利及自由，不受本公约之保障。
1950年的《欧洲人权公约》共5节66条，在第11号议定书修正后，《公约》被分为三个部分：主要的权利和自由规定在第一章（第2-18条）；第二章（第19-51条）则规定欧洲人权法院及其运作规则；第三章是其他条款。
第1条规定的是总则性条款：“缔约国应当给予在它们管辖之下的每个人获得本公约第一章所确定的确立和自由。”即缔约国的“尊重和保障人权”的义务。从此以后，尊重人权不再只是（欧洲）主权国家的道德义务，而是法律义务；违反法律义务须承担法律责任。从政治法律伦理角度看，尊重和保障人权不再是国家的“美德”，而是底线道德，是衡量一个国家、政权是否具备正当性、合法性的基本依据。
第一章第2至第18条，是人人应有的主要权利和基本自由；这些权利被认为是人人所固有的、目的性的、实体性的，可称之为“实体性权利体系”。扩充权利范围的议定书与《公约》第一章密切相关。
《公约》第一章中的条款，大多由两段话构成：第一段话（第一款）规定基本权利和自由，第二段（第二款）则包含了若干对于前款所称的基本权利或自由的排除条款、例外条款、限制条款。受人类思维方法和语言规律的支配，形成了如此的通用立法表达方法：概括性地确认自由和权利，具体性地排除、限制某些需要排除、限制的情形。例如第二条第一款规定：“任何人的生存权应受法律的保护。不得剥夺任何人的生命。但是，法院依法对他所犯的罪行定罪并付诸执行的除外。”
（一）《公约》第一章各条规定的权利和自由及其与《世界人权宣言》的对应情况
第2条——生命权（《世界人权宣言》第三条）
第3条——免于酷刑与不人道或侮辱待遇之自由（《宣言》第五条）
第4条——免于强制或强迫劳役之自由（《宣言》第四条）
第5条——人身自由及安全之权利（《宣言》第三条）
第6条——公平审判之权利（《宣言》第十条）
第7条——罪刑法定原则之保障（《宣言》第十一条第一款）
第8条——隐私权（《宣言》第十二条）
第9条——思想、信仰及宗教自由（《宣言》第十八条）
第10条——言论自由（《宣言》第十九条）
第11条——集会及结社自由（《宣言》第二十条）
第12条——结婚及组织家庭之权利（《宣言》第十六条）
第13条——有效获得国内司法救济之权利（《宣言》第十条）
第14条——禁止歧视（《宣言》第七条）
第15条——公约义务的免除
第16条——对于外国人的限制
第17条——权利滥用
第18条——权利范围限制
上述各条款的内容，可以概括为：缔约国应确保在其管辖下的每个人获得本公约第一节中所规定的权利与自由（国家义务）；任何人的生命权应受到法律的保护；任何人不得（被）加以酷刑或使受非人道的或侮辱的待遇或惩罚；任何人不得被蓄为奴或受到奴役；人人享有自由和人身安全的权利；在决定某人的公民权利与义务或在决定对某人的任何刑事罪名时，任何人有权受到依法设立的、独立与公正的法庭之公平与公开的审讯；实行无罪推定；刑法不溯及既往；人人有思想、良心及宗教自由的权利；人人有言论自由的权利及人人有和平集会与结社自由的权利；达到结婚年龄的男女有依照有关国内法结婚和成立家庭的权利。
对比《欧洲人权公约》和《世界人权宣言》的内容、体例，可以发现《公约》基本上是《宣言》的法律化。《宣言》的主要表达方式是确认、宣示、宣告性的，正面地确认人人所拥有的权利与自由；《公约》则以国际法法律原则和规则的方式表达，把权利主体、性质、排斥或限制情形和对应义务，均作较明确清晰的表达。
（二）扩充权利范围的议定书规定的权利和自由
第1号议定书（1952年通过，1954年生效）
第1条——财产权
第2条——受教育之权利
第3条——自由选举权
第4号议定书——免于因民事债务而受到监禁、迁徙自由、除籍之禁止
第6号议定书——限制实施死刑
第7号议定书——犯罪与家庭
第12号议定书——反歧视
第13号议定书——完全废除死刑
上述议定书，对权利范围进行了补充或扩大，有的甚至对《公约》相关条款作了实质性的变更。第6号议定书明确规定死刑应予废除，但保留了国家在战争时期或受战争威胁时仍可适用死刑的权力。为了全面废除死刑，欧洲理事会各国于2002年2月草拟了欧洲人权公约第13号议定书，该议定书的主要目的是废除战争时期适用死刑之规定，即全面地废除死刑。第13号议定书于2002年5月开放给各国签署，2003年7月1日正式生效。目前欧洲理事会47个会员国里，阿塞拜疆、俄罗斯两国尚未签署此议定书，亚美尼亚、波兰两国则是已经签署但尚未经国会批准；其余43国皆已签署并批准，本议定书对该国已有法律拘束力。其“完全废除死刑”的规定，与《公约》第2条第一款中“法院依法对他所犯的罪行定罪并付诸执行的除外”的保留死刑的规定和第6号议定书的最严格限制死刑的规定相比，在立场、原则、法律规则各层面都明显不同。
二、第11号议定书的生效与欧洲人权法院
《欧洲人权公约》是欧洲对《世界人权宣言》贯彻落实的产物。与《宣言》相比，《公约》在实体性人权的范围、种类方面，创新较少，但在人权实施机制、程序性和工具性权利的设定方面，具有特别重要的创新：第一次在国际社会上建立了对人权的共同保障机制，使国家被实质性地限制和约束。其实施机制包括：《公约》的组织机构设置；不同组织机构的职能和职责；作为人权主体的个人所享有的程序性权利和所能够启动的机制等。
1950年的《欧洲人权公约》第19条规定：为了保证各缔约国履行本公约所规定的应当承担的义务，应当设立：1.欧洲人权委员会（以下简称“委员会”）；2.欧洲人权法院（以下简称“法院”）。第三、四章分别规定了欧洲人权委员会、欧洲人权法院的组织、职能和运行规则。此外，欧洲理事会部长委员会是人权保障的主要机构之一。因此，1998年之前，《欧洲人权公约》的实施组织包括欧洲人权委员会、欧洲人权法院、欧洲理事会部长委员会。
欧洲人权委员会应当以与缔约国数目相等的委员组成，委员会中不得有两名成员为同一缔约国的公民，委员会委员应当以个人资格参与委员会。委员会的主要工作机制是受理申诉，进行调查，与当事国沟通，或者把问题提交给部长委员会，由部长决定是否提交欧洲人权法院裁决。委员会可以受理由于缔约国一方破坏本公约所规定的权利而致受害的任何个人、非政府组织或者是个人团体向欧洲理事会秘书长提出的申诉，但是，必须以被指控的缔约国已经作出承认委员会具有受理上述案件权限的声明为前提。
欧洲人权法院应当以与缔约国数目相等的法官组成。欧洲人权法院中不得有两名成员为同一缔约国的公民。法官候选人应当具有高尚的道德品格并具有高级司法职位的任命资格或者是公认的法学家。任何缔约国在任何时候可以宣布它承认法院在事实上的强制管辖权。只有缔约国及欧洲人权委员会才有权将案件提交法院；个人和一般的社会组织无权向法院起诉。法院的裁判效力是最终性的。如果法院认为缔约国司法当局或者任何其他当局所作的决定或者措施完全或者部分地同本公约所规定的义务相违背，并且上述缔约国的国内法只许对上述决定或者措施的后果给予部分赔偿时，则法院的判决在必要的时候应当给予受害人以公平的补偿。
1994年通过、1998年11月1日生效的第11号议定书对《欧洲人权公约》的结构、体例进行了重大修正，把原《公约》的第二、三、四、五章，整合为修正后《公约》的第三章，即公约的实施机制，也是人权的实施、实现机制。议定书为了提高《公约》实施机制的效率，更有效地保障人权，“旨在重建监控手段，建立代替欧洲人权委员会和欧洲人权法院的一个永久性欧洲人权法院”，对第2、3、5、8、9以及10号议定书加以取代，本号议定书就《公约》的机构做了根本的改变：废止欧洲人权委员会，允许个人可以直接向欧洲人权法院提起诉讼，同时赋予欧洲人权法院强制管辖权（在过去，各个成员国可以在排除欧洲人权法院管辖的状况下批准本公约），并且改变了欧洲人权法院的结构、强化了其职权职责。依据该议定书，各缔约国受到了更实质性的约束，个人的诉讼权利被确认。因此，1998年11月1日，欧洲人权法院成为一个拥有全职法官的永久性常设法院，其目的是为了要取代旧有的由欧洲人权委员会（1954年成立）及欧洲人权法院所构成的机制。
（一）新的欧洲人权法院的职能、组成、受案范围与判决效力
欧洲人权法院的职能是“监督《欧洲人权公约》成员国对公约的执行或履行”。任何缔约国若有危害人权的情况发生时，其他国家或个人都可以将该国提付本法院进行裁决。因此，欧洲人权法院是对成员国法律是否违反《欧洲人权公约》的司法审查机构，类似于国内法体系中的违宪审查机制。
新的欧洲人权法院设置委员会、审判庭和大审判庭。对于提交到法院的案件，由三名法官组成的委员会、七名法官组成的审判庭和十七名法官组成的大审判庭开庭审理。
任何缔约国都可以向法院提交声称另一个缔约国违反了《公约》和议定书规定的案件。法院可以接受任何个人、非政府组织或者是个人团体提出的声称自己是《公约》和议定书所保障的权利遭到一个缔约国所侵犯的受害人的申诉。缔约国承诺不以任何方式阻止有关当事人有效地行使此项权利。受理的标准是：法院仅仅可以处理根据公认的国际法准则已经穷尽了所有的国内法救济手段的事项，并且应当在最后的决定作出之后六个月的时间内提出。
大审判庭的判决应当具有最终法律效力。缔约国有义务遵守法院对由他们作为当事人的案件所作出的最终判决。法院的最终判决应当送交部长委员会监督执行。
位于法国斯特拉斯堡的欧洲人权法院
欧洲人权法院的法庭
（二）受案数据和代表性案例
第11号议定书开始施行前，欧洲人权法院已经作出了837个判决。7年后，2005年年底时，法院已经作出了5968个判决。2008年9月18日，欧洲人权法院就“Takhayeva and Others v.Russia案”作出了其第10000号判决（No.23286/04）。
1959-2013年欧洲各国案件分布图
欧洲人权法院伊丽莎白·施泰纳法官2013年透露：不论国籍，每个国家和个人都能够在法庭上投诉缔约国对于人权的侵犯。然而，自从法庭建立以来，几乎所有的诉讼都是由个人提起的。每年大约有30000份诉讼。因为此法庭是一个基本的人权机构，所以法庭的使用是尽可能容易的。因为不需要填表，不需要法律援助，而且以任何缔约国的语言都可以提出申请，所以每个个人都能够提起诉讼，而且诉讼程序非常简单且不收费。……（欧洲人权法院的核心职能是）判定受争议的国家及法律或者做法是否违反《公约》的条款。
1959-2013年欧洲人权法院年度受理案件数目
改革后的欧洲人权法院，不仅不是“摆设”，且已成为“不堪重负”的审判机构，对于审查成员国法律是否符合《欧洲人权公约》负最终职责。
1.爱尔兰诉联合王国案（5310/71）
1977年12月，爱尔兰向欧洲人权法院提起诉讼，控告英国政府违反了“免于酷刑与不人道待遇之自由”的规定，有一些人在未经法院审理的情况下被关入了监狱（Case No.5310/71）。法院认为，尽管英国政府对那些人的监禁违反了《公约》中的权利，但在该情况下可认为该违反系属具有正当理由。然而法院另外认为，五种手段（亦即五种刑罚）的实施以及殴打囚犯的行为纵使非严刑拷问，仍然构成了《公约》中关于“免于酷刑与不人道待遇之自由”的违反。
2.福利党等诉土耳其案
2003年12月13日，欧洲人权法院于维持土耳其宪法法院基于该党违反政教分离原则而解散福利党的裁判中认为，“伊斯兰法和民主的基本原则相违背”。欧洲人权法院认为，基于伊斯兰法的法律制度将与《欧洲人权公约》的价值相违背，特别是就刑法与刑事诉讼法之部分，其依照宗教戒律所制定的法律将干涉妇女于公、私领域中的地位及权利，违背了《欧洲人权公约》中所建立的人权价值。
3.车臣相关案件
在俄罗斯军队于1999年第二次进攻车臣后，欧洲人权法院同意审理在第二次车臣战争期间对抗俄罗斯进攻的车臣居民所提起的侵害人权诉讼，且直至2009年4月时已经作出了104个判决（包含关于非法拷问和司法程序外处决之案）。2007年，法院判决俄罗斯必须对杀害维权人士Zura Bitiyeva和她的家人一事负责。Bitiyeva在2000年时向欧洲人权法院对莫斯科政府提出侵害人权的控告，但她在2003年，本案判决作出以前，却惨遭谋杀。其他对于俄罗斯的控诉包含了Ruslan Alikhadzhyev、Shakhid Baysayev、Nura Luluyeva和Khadzhi-Murat Yandiyev的死亡（这些人在“强迫失踪”几年后被推定已经死亡）、对于车臣卡特尔尤尔特（Katyr-Yurt）的任意轰炸以及在Novye Aldi大屠杀中的一些死亡。直到2008年，欧洲人权法院仍充斥着许多来自车臣的控诉，而使该院被人权观察（Human Rights Watch）称为“受害者的最后希望”。
4.宗教服饰案件
在过去的许多案子中，欧洲人权法院允许各国政府借由制定法律来约束该国人民的穿着。在Leyla?ahin诉土耳其案中，该土耳其女子因为穿戴头巾，而被禁止进入课堂听课和考试。欧洲人权法院裁判认为，土耳其并未违反欧洲人权公约中的宗教自由及平等原则。
在2001年的Dahlab诉瑞士案中，法院认为瑞士政府有权要求一名皈依伊斯兰教的老师摘下她的头巾，因为头巾属于伊斯兰教的“强烈外部象征”，可能会“影响”年轻的学子。
2008年11和12月间，法院处理Dogru诉法国案和Kevanci诉法国案时，认为法国政府并未违反《欧洲人权公约》中关于宗教信仰的自由。在这两个案子中，两名12岁、信仰伊斯兰教的女孩因为拒绝在体育课时拿掉遮住她们脸部的头巾，而遭到学校开除。
在Mann Singh诉法国案中，一名锡克教的男教徒20年来持有的驾驶执照上的照片都是他穿戴着包头巾时的照片，若他要继续持有驾驶执照，法国政府要求他的照片必须将头巾拿掉。本案欧洲人权法院直接裁定不受理，而根本没有实质审理该案。
另据《中国日报》2014年7月3日报道，近两年，欧洲有些国家先后出台了针对穆斯林穿戴蒙面面纱的禁令。法国法律规定，公共场合禁止任何人穿着遮盖脸部的服装，违者将受到150欧元（约合205美元）的罚款处罚。近期，法国两名女子因违反此禁令而受到罚款处罚。法国政府被诉至欧洲人权法院，辩称该禁令获得了广泛的公众支持，认为蒙面面纱不仅有违法国的世俗价值，同时因其遮盖面部，也具有潜在的安全威胁。欧洲人权法院裁判支持了法国对穆斯林穿戴蒙面面纱的禁令。
1959-2013年欧洲人权法院年度案件类型比例
代表性案例还有：A.B.and C.v.Ireland：堕胎权；Dudgeon v.United Kingdom：同性恋权利与隐私权；McLibel case：关于诽谤案件的法律扶助；Murray v.United Kingdom：反恐法；John Murray v.United Kingdom：缄默权；Funke v.France：公正审问权；ASLEF v.United Kingdom：工会开除成员的权利；Soering v.United Kingdom：引渡、对抗不人道及残酷对待的权利。
从上述案例可以看出：一个成员国可以诉另一个成员国，个人可以诉国家；欧洲人权法院成为维护人权、民主和法治等核心价值的最高权威机构和最终裁判机制。
三、个人V.国家的人权特别救济程序
所谓的程序性权利是指《公约》授予各成员国、在各成员国内的个人和社会组织，通过各种法律程序实施行动，以履行《公约》、按照其观点维护人权的权利。涉及欧洲理事会和《公约》的组织机构、运行机制的有关议定书，授予了成员国以相应的程序性权利。
《公约》强调，任何人在他享有的本公约规定的权利与自由受到侵犯时，有权向国家当局要求有效的补救，即使上述侵犯行为是担任公职身份的人员所犯；应保证人人享受《公约》列举的权利与自由，不得因性别、种族、肤色、语言、宗教、政治的或其他见解、民族或社会出身、同少数民族的联系、财产、出生或其他地位而有所歧视。
欧洲人权法院诉讼申请程序
第11号议定书对《欧洲人权公约》的实施组织机构作了重大改革，允许个人在一定条件下向欧洲人权法院提起诉讼。1996年，欧洲理事会又通过了《关于公民个人参与欧洲人权法院诉讼程序的欧洲协定》。该协定与第11号议定书对个人的诉讼权利义务作了较明确具体的规定。欧洲理事会的官方解释是：在有关成员国用尽了各种法律救济手段后，个人可以在斯特拉斯堡的欧洲人权法院，就侵犯人权的事项起诉。
欧洲人权法院的个人申请诉讼
赋予个人针对侵犯人权的国家的诉权，是《公约》的重大创新。此诉讼制度与联合国《公民权利和政治权利国际公约》中的个人来文控诉、国际组织调查制度相比，本质不同。个人诉国家的制度，是迄今为止人类人权历史上最重要的制度之一，至少在制度、技术层面，欧洲的人权保障事业领先于全世界。