1861年，亚伯拉罕·林肯就职第16任美国总统后，南方各蓄奴州开始担心他们传统的产业及奴隶市场遭到北方现代工业的冲击，南北战争爆发。从1861年4月14日萨姆特堡陷落，经过七大战役，南北双方虽在军事上互有得失，但北方损失更大。战争的惨烈，远远超出林肯的想象。北方人开始质疑林肯参加这场战争的正当性，因为在宪法里，并没有明确地表明各州不得脱离联邦。当时有很多美国人认为，既然“结婚”是自由的，那么“离婚”自然也是自由的。当初，林肯以“反分裂”为名进行这场战争，现在民众的质疑浪潮越来越大，政府的危机来了，于是，林肯决定切换战争主题：为了自由。
另一个棘手的问题是：战争爆发后，相当多的黑奴自愿为自身自由协助联邦作战，但在如何处理占领地黑奴问题上争议颇多。林肯一开始收回了个别将军自行发布的解放黑奴命令，但如果严厉执行则会使逃亡黑奴必须回到他们南方主子那里；但1862年3月13日，邦联政府禁止所有联邦军指挥官遣返逃亡黑奴，如此讽刺地使1850年的《逃亡奴隶法》废除。1862年6月19日国会废止联邦领土上的奴隶制度，又使美国最高法院于1857年的“斯科特诉桑福德案”的判决失去效力。
所以，林肯对黑奴问题的处理也十分谨慎。他曾宣称自己没有宪法赋予的权力解放黑奴，而且解放黑奴是一项高风险的政治行为，因为仍有部分蓄奴州效忠于联邦，且战争开始的目的在于保护联邦的完整而非解放黑奴。因此，林肯开具的《解放宣言》这张“支票”，当时只是一份由林肯自己理解为以三军统帅的身份所发表的军事命令，而非由国会公布具同等地位的法案或宪法增修条款。甚至有人认为，《解放宣言》本身就是违宪的，它是一种领袖扩权指挥军队的行动，而非创造新法。
《解放黑奴宣言》的重制本，现存于俄亥俄州辛辛那提的国家地下铁路自由中心
决断的时刻到了。1862年7月，林肯第一次与其内阁讨论该宣言，考虑到此举的现实政治风险，他觉得在发布前需要一场军事上的胜利来为自己“打气”。在安地潭之役，联邦军队击退邦联对马里兰州的进犯。9月22日，林肯发布了一份预备宣言（第一部分）。到1862年12月的最后一个星期里，林肯在办公室里不停踱步，眉头紧蹙。他对来访的国会众议员约翰·科沃德说：“发表宣言这件事我已酝酿成熟。我已下定决心，这事非做不可。我是迫不得已才这么做的。此外，别无他法能摆脱我们的困境，……我这样做并非出于一时的冲动，而是希望争取更大的利益。”
终于，《解放宣言》在新年的第一天发布了：“所有脱离联邦并回到联邦掌控下的州之奴隶最迟于1863年1月1日后当被解放。”122
《宣言》把解放黑奴的同意权让渡给联邦军队，123这难得的机会使将近20多万曾为奴隶的黑人受惠（但南北交界仍有80万黑奴并不知情），这也让北方获得了额外的人力资源，而这是南方直到战败前几天也仍然无法解决的难题。
战争末期，美国共和党中的废奴论者推断：一旦战争结束，《解放宣言》将可能被解读成一份违宪的战时命令。在此压力下，林肯在1864年的总统选战中，以他将通过宪法修正案的方式废除全国奴隶制度为砝码竞选连任。因而，林肯的选战获得马里兰州与密苏里州分裂票数支持，赢得连任后，林肯强力催促“跛鸭的”第38届国会，在第39届国会召开期间，立即通过宪法修正案。1865年1月31日国会通知各州议员批准将成为美国宪法第13修正案的法案，其“禁止美国国土上任何的蓄奴行为”。1865年12月6日，修正案为足够多的州所认可。124后来，又新增宪法第14及15修正案以废止奴隶制度并赋予黑人选举权，黑人的地位从此被解放，拥有了公民的身份。
然而在重建期结束后，到布朗案作出判决期间，南方各州一直被白人掌控。南方在不能蓄奴的情况下，转而通过了许多对黑人不利的法律。例如，祖父条款对投票者进行教育程度、财产状况或纳税与否的审查，限制只有“条件”较好的选民才有投票权；类似《吉姆·克劳法》的法律设立了层出不穷的种族隔离措施，规定各种公共设施如旅馆、学校、厕所、公车、火车、飞机、餐厅、运动设施、俱乐部、医院等都要根据种族的不同而隔离使用。在种族隔离制度下黑人往往受到歧视，只能使用次等设施，缺乏社会资源，却又不能通过选举权改变不平等的现状，特别是1896年“普莱西诉弗格森案”创立的“隔离但平等”法律原则的背书更是加强了其正当性。该案认为，种族隔离的政策虽然强迫黑人与白人不得共用同一设施，但是并未造成白人与黑人间不平等的现象，未剥夺黑人依宪法第14修正案所保障的同等保护权，因此种族隔离的法律并不违反宪法。125由于这一臭名昭著的“隔离但平等”原则，从普莱西案起至布朗诉案（1954年）止，美国一系列的种族隔离措施一直有法律上的正当地位。因此，美国（特别是南方）在这九十年间一直是一个严守种族隔离政策的国家。而对于林肯来说，无论是战时的“权宜之计”，还是战后的“宪法背书”，《解放宣言》还只是一张难以兑现的“空头支票”。
种族隔离措施常常“隔离且不平等”，左上黑人医院、右上黑人住宅，以及中间排队就诊的病人，都显示黑人的资源相当匮乏。